ステップイン php

ステップイン： 1行単位で実行
ステップオーバー： 1行単位で実行されるが、関数があった場合その関数を実行して次の行に移行する
ステップアウト： 今実行している関数の外（呼び出し元）に出るまでプログラムを進める

コード上でブレイクポイントを張って、調査したい前後の箇所をステップ実行していくことで、わざわざprint debugをしなくても詳細なデバッグが行えます。
ステップ移動いくつか種類があります。それぞれこんな感じです。

Step Into
現在のステートメントから1つ先のステートメントに移動。現在のステートメントが関数呼び出しを含む場合、その関数の中にステップイン実行

Step Over
現在のステートメントから1つ先のステートメントに移動。現在のステートが関数呼び出しであってもその関数を呼び出さずに次のステートメントに移動

Step Out
現在の関数の外までステップ移動。関数が入れ子で呼び出されている場合は1つ上まで移動

Run to Cursor カーソルの位置までステップ移動

Resume Program
ブレイク状態を止め、プログラムを再開。更にブレイクポイントが張ってある場合はそこで停止
言葉にするとややこしいですが実際手を動かして見るとなんとなくわかるとおもいます。
基本的な実行は調査したいコードの前後にブレイクポイントを張って、停止したらStep Overで変数調査。
深い箇所やフレームワークの中を追っかけたい場合はStep Intoで中に入っていき、止めたい箇所でResume Programを押すような感じです。
変数の書き換えは変数ビューの書き換えたい値を右クリック→Set Value(もしくはF2)で書き換えが実行出来ます。
http://www.karakaram.com/phpstorm-xdebug
http://www.1x1.jp/blog/2014/08/how-to-setup-php-remote-debug-with-vagrant-vm.html
http://qiita.com/Vexus2/items/333dbb0faf2d62777c9e

strl+space コード補完